Sistemul cu membrană se bazează pe funcționarea continuă ca bază de proiectare, dar în funcționarea efectivă, va exista întotdeauna o anumită frecvență de pornire și oprire.
Când sistemul de membrană este oprit, apa permeabilă sau apa pretratată trebuie utilizată pentru spălarea la joasă presiune pentru a înlocui apa concentrată cu concentrație ridicată, dar care conține inhibitor de scară din elementul membranei. De asemenea, ar trebui luate măsuri pentru a preveni scurgerea apei din sistem și introducerea aerului, deoarece poate exista o pierdere ireversibilă a fluxului permeabil dacă elementul pierde apă și se usucă.
Dacă timpul de nefuncționare este mai mic de 24 de ore, nu sunt necesare măsuri pentru a preveni creșterea microbiană. Cu toate acestea, în cazul în care timpul de nefuncționare depășește dispozițiile menționate mai sus, lichidul de protecție trebuie utilizat pentru conservarea sistemului sau sistemul cu membrană trebuie spălat în mod regulat.
